https://blog.qife122.com/tags/%E7%94%9F%E7%89%A9%E4%BF%A1%E6%81%AF%E5%AD%A6%E5%B7%A5%E5%85%B7/ Recent content in 生物信息学工具 on 办公AI智能小助手 Hugo zh-cn qife Sun, 05 Oct 2025 15:32:52 +0800 https://blog.qife122.com/p/samtools-v1.22.1%E5%86%85%E5%AD%98%E5%88%86%E9%85%8D%E6%BC%8F%E6%B4%9E%E8%A7%A3%E6%9E%90%E6%81%B6%E6%84%8Fbed%E6%96%87%E4%BB%B6%E5%8F%AF%E5%BC%95%E5%8F%91%E6%8B%92%E7%BB%9D%E6%9C%8D%E5%8A%A1%E6%94%BB%E5%87%BB/ Sun, 05 Oct 2025 15:32:52 +0800 https://blog.qife122.com/p/samtools-v1.22.1%E5%86%85%E5%AD%98%E5%88%86%E9%85%8D%E6%BC%8F%E6%B4%9E%E8%A7%A3%E6%9E%90%E6%81%B6%E6%84%8Fbed%E6%96%87%E4%BB%B6%E5%8F%AF%E5%BC%95%E5%8F%91%E6%8B%92%E7%BB%9D%E6%9C%8D%E5%8A%A1%E6%94%BB%E5%87%BB/ <h1 id="samtools-v1221因大型bed区间导致不受控内存分配引发拒绝服务漏洞">Samtools v1.22.1因大型BED区间导致不受控内存分配引发拒绝服务漏洞</h1> <p><strong>来自</strong>：Ron E &lt;ronaldjedgerson () gmail com&gt; <strong>日期</strong>：2025年9月28日 12:17:19 -0400</p> <p>Samtools及底层HTSlib在处理包含极大区间值的BED文件时存在拒绝服务漏洞。bedidx.c文件中的bed_index_core()函数使用区间结束坐标计算分配大小，但未进行充分验证。通过提供特制结束坐标（例如接近2^61）的BED记录，攻击者可通过hts_resize_array_()触发不受控的内存分配请求。这将导致分配失败并终止进程， effectively造成拒绝服务。此漏洞可通过诱使用户或自动化流程加载包含超大区间的恶意BED文件（例如通过samtools view的-L选项）进行利用。</p> https://blog.qife122.com/p/samtools-v1.22.1-%E8%A6%86%E7%9B%96%E5%BA%A6%E5%88%86%E6%9E%90%E5%8A%9F%E8%83%BD%E5%AD%98%E5%9C%A8%E6%A0%88%E6%BA%A2%E5%87%BA%E6%BC%8F%E6%B4%9E/ Thu, 02 Oct 2025 02:44:03 +0800 https://blog.qife122.com/p/samtools-v1.22.1-%E8%A6%86%E7%9B%96%E5%BA%A6%E5%88%86%E6%9E%90%E5%8A%9F%E8%83%BD%E5%AD%98%E5%9C%A8%E6%A0%88%E6%BA%A2%E5%87%BA%E6%BC%8F%E6%B4%9E/ <h2 id="samtools-v1221-覆盖度分析中过度分箱数处理不当导致栈溢出">Samtools v1.22.1 覆盖度分析中过度分箱数处理不当导致栈溢出</h2> <p>在samtools coverage子命令中，<code>-w / --n-bins</code>选项允许用户指定在覆盖度直方图中生成多少个&quot;分箱&quot;。代码计算：<code>stats[tid].bin_width = (stats[tid].end - stats[tid].beg) / n_bins;</code> 当分箱数量（n_bins）相对于区域长度（end - beg）极大时，该整数除法可能产生零，或导致后续算术运算出现意外行为。随后在<code>print_hist()</code>中，涉及<code>current_bin</code>、<code>row_bin_size</code>和循环边界的计算可能溢出或导致无效分支，最终引发栈递归或无限制的栈消耗。实际上，提供巨大的分箱计数（例如2147483647）会触发<code>print_hist()</code>中的栈溢出（如观察到的）并使程序崩溃。</p>